바기오는 1500년 말경 금과 미네랄이 루존 북쪽에 풍부하다는 소식을 들은 스페인 식민지 개척자들이 이 지역을 탐험하기 시작했다.

계속되는 정복의 실패였지만 1846년 귀얼모데 갈베이 (Guillermo de Galvey) 아래에 위치한 라 트리니다드 (La Trinidad) 골짜기에 정착 하는데 성공했다. 그 후 여러 정착지들을 중심으로 벵게트 지역 (Benguet Province)이 생겨나고 예전에 푸리토 카팍웨이(Pulito of Kafagway)라고 불리웠던 현 바기오가 수도로 세워졌다.

1900년도에는 미국에게 정복당했고 그들은 뱅게트와 바기오를 중심으로 정부를 설립하였다. 미국 통치권때 카팍웨이는 도시와 피서지를 설립하기에 적합한 위치로 선정됐다. 지역의 명칭은 번햄 (Burnham) 호수에서 자라나는 초록 이끼를 가르키는 이바로이 (Ibaloi)의 말“베기우 (begyiw)”를 따와 명명되었으며, 1909년에 바기오 시로 확정 되었다. 그로부터 바기오는 “여름 수도”가 되었으며 마닐라가 제일 더울 때(건기) 필리핀 위원회에서는 공무를 여기로 이동하곤 했다. 거리를 지나다보면 미국 식민지때 세워졌던 미국식 건축물의 영향이 아직도 남아있는 것을 볼 수 있다. 바기오는 제 2차 세계대전때 일본 폭격으로 인해 도시가 많이 손상 되었다.

일본 식민지때는 미국 기지, 캠프 존 헤이 (Camp John Hay)가 수비대와 포로 수용소로 사용되기도 했다. 1944년, 장군 야마시타 (General Yamashita)가 미국 해방 운동군들로부터 피신하여 북 루존의 바기오에 본부를 세웠다. 해방 운동이 한창 진행되고 있을 때 바기오는 미군이 일본군을 몰아내려고 쏜 폭격으로 인해 또 한번 파괴되었다. 그 당시 일본 부대가 무너지는 건 시간 문제였다. 1945년 9월 바기오에서 장군 야마시타는 미군에게 항복했다. 현재 바기오는 북 루존의 상업 중심지이며 시원한 날씨와 쾌적한 주위 환경을 중시하는 예술가들과 은퇴자들의 선호 거주지이기도 하다.